Geneticky manipulované organismy (GMO) mohou vytlačit z prostředí přirozeně se vyskytující druhy, což by mělo dopad na zvířata a rostliny, které na nich závisejí. Vnesená odolnost vůči chorobám, pesticidům a specifickýcm podmínkám životního prostředí dává novým “superplodinám” výhodu v konkurenčím boji s přirozenou faunou a flórou. Například plodiny, které jsou modifikovány tak, aby snášely sůl, by se mohly rozšířit kolem ústí řek do moří, zadusit původní vegetaci a výrazně ovlivnit vše živé v tamní přírodě.
Totéž platí pro “superzvířata”. Pokud by se třeba ryby, které genetičtí inženýři manipulují tak, aby rostly rychleji a byly větší, dostaly ze speciálních sádek do volné přírody, mohlo by to znamenat pohromu pro přirozené rybí populace. Dr. Muir a Dr. Howard, vědci z Univerzity Purdue (USA) zjistili, že geneticky manipulované akvarijní rybky, do nichž byl vložen gen pro tvorbu lidského růstového hormonu, dorůstají větší velikosti a jsou tudíž atraktivnějšími partnery při páření. Ukázalo se, že jsou bohužel i méně plodné. Vnesením nového cizího genu do populace se podle vědců snižuje její reprodukční schopnost. Na základě počítačového modelu vědci zjistili, že i jediná transgenní ryba by mohla vést k zániku celé populace. Podobně jako u akvarijních rybek použitých v pokusu, byla nižší reprodukční schopnost zjištěna i u geneticky manipulovaných rychle rostoucích lososů.
Nové geneticky manipulované plodiny se mohou volně křížit s příbuznými divoce rostoucími druhy nebo s normálními rostlinami téhož druhu. Byl již zjištěn volný přenos transgenů na nemodifikovanou kukuřici a řepku. “Cizí” geny se mohou šířit v životním prostředí a způsobit nepředvídatelné změny. Jakmile takový proces jednou začne, nic na světě jej s největší pravděpodobností nedokáže zastavit.
Z obyčejného plevele by se mohl stát “superplevel”. Rostliny zkonstruované tak, aby byly odolné vůči herbicidům, by mohly začít být tak agresívní, že by se samy staly plevelem - anebo by svou rezistenci přenesly na divoce rostoucí plevele, jejichž agresivita by se pak zvýšila. Choulostivější rostliny by mohly být postupně vyhubeny. Roznese-li vítr geneticky modifikovanou řepku odolnou vůči herbicidu z nákladních vagónů na pole kolem tratě, pak tato řepka se sama stane plevelem a bude představovat problém. Dostane-li se taková řepka například na pole manipulované cukrovky, shodou okolností odolné vůči stejnému herbicidu, bude muset zemědělec použít herbicidy dva - jeden na ostatní plevele a druhý na řepku.
Mohlo by se také stát, že ztratíme schopnost bojovat proti škodlivému hmyzu. Jestliže totiž učiníme rostliny odolnější vůči pesticidům, může se stát, že se časem objeví “superškůdci”, kteří získají proti postřikům rezistenci. Rostliny, které sami produkují insekticid, mohou přispět k tomu, že škodlivý hmyz rychle získá proti insekticidům odolnost a přemnoží se. Doposud byly insekticidy používány pouze v případě potřeby, a to jednorázově - v době, kdy byl škůdce přemnožen. Geneticky manipulované rostliny jako např. Bt-kukuřice však samy produkují insekticid, a produkují ho stále. To znamená, že škůdci “mají čas” si na insekticid zvyknout a získat proti němu odolnost.
Rostliny zkonstruované tak, aby produkovaly svůj vlastní pesticid, mohou uškodit dalším živým tvorům - motýlům, můrám a ptákům. Vědci z Cornellovy univerzity v USA zjisitli, že pyl geneticky manipulované Bt-kukuřice, která vyrábí svůj vlastní jed proti škůdci zavíječi kukuřičnému, zabíjí i larvy krásných, neškodných motýlů monarchů stěhovavých. Podle entomologa Dr. Stradlinga z britského Exeteru mohou být ohroženy i desítky dalších motýlých druhů, a to nejen v Americe, ale také v Evropě.
Zemědělská krajina bude nadále sužována používáním pesticidů. Protože zemědělci budou používat tyto nebezpečné chemikálie volně, bez dřívějších obav, jejich používané množství může vzrůst. Americký úřad pro zemědělství, obdoba našeho ministerstva zemědělství, například zjistil, že američtí farmáři pěstující geneticky manipulovanou sóju odolnou vůči herbicidům používají stejné a v některých případech dokonce vyšší množství herbicidů než zemědělci hospodařící konvenčně. Možný nárůst používání pesticidů s sebou nese ještě vyšší hrozbu kontaminace vodních zdrojů a zhoršení kvality půdy.
Nikdo na světě - včetně genetických inženýrů samých - si není úplně jistý, jaký dopad budou mít tyto nové formy života na životní prostředí, pakliže do něj budou vypuštěny. Agrochemické koncerny a jimi placení vědci ovšem vědí, že ke všem výše zmíněným možnostem by mohlo dojít a vědí také, že by to mohly být změny nevratné. Přesto chtějí dále provádět svůj experiment s přírodou. Jsou to oni, kdo z něj má ohromné zisky. Všechno, co z něj máme my, ostatní, jsou nová rizika - konec přírody v té podobě, jakou ji známe.